Soul Eater Not! é uma história paralela à série principal, se concentrando na novata chamada Harudori Tsugumi, que vira amiga de duas Mestras, Tatane Meme e Anya Hepburn. As três são parte da classe NOT (Normally Overcome Target – Alvos Normalmente Subjugados), na Shibusen e aprendem a controlar seus poderes para superar suas dificuldades e ter uma vida normal, conforme são obrigadas a lutar com a classe EAT (Especially Advanced Talent – Talentos Especialmente Avançados) de Maka, Soul e seus amigos.