Sakura Card Captors Clear Card-hen é uma sequência directa da história original que está reintroduzindo a heroína Sakura Kinomoto em seu primeiro ano da escola secundária. Sakura, de 14 anos, começa a escola secundária junto de seus amigos, incluindo Syaoran, que acabava de voltar para Tomoeda. Depois de ter um sonho com uma misteriosa figura em camadas, todas as cartas de Sakura ficam em branco e ficam impotentes, então ela começa sua busca para descobrir o que está errado. Ao fazê-lo, Sakura e seus aliados descobrem e capturam novos cartões transparentes usando uma nova chave.