.hack//SIGN segue a história de Tsukasa enquanto ele tenta desvendar seu passado, sua identidade e o porquê de não conseguir desconectar do MMORPG The World. A série se desenvolve lentamente e oferece ocasialmente informações falsas levando a uma confusão plausível até que a verdadeira natureza dos eventos seja revelada no final da série. O desenvolvimento dos personagens também é forte nessa série possuindo poucos personagens previsíveis e cada personagem importante passa por uma grande mudança durante a história.