No início dos anos 2050, uma forma de vida desconhecida chama “Oracle Cells” começam a consumir todo tipo de vida existente na Terra. O seu apetite voraz e a sua grande capacidade de adaptação primeiramente gera medo, mas depois acaba gerando admiração, e finalmente, recebe o nome de “Aragami”. E diante de um inimigo imune a todas as armas atuais, a humanidade entra em colapso e está sendo conduzida à beira da extinção. Mas uma última luz de esperança surge: Possuindo armas que incorporam as Oracle Cells, as “God Arcs” são confiadas à alguns humanos que formam uma elite de resistência.