Takato Matsuda, Ruki Matsuno, e Lee Jenrya são crianças que, pelo destino, recebidas verdadeira Digimon, ao contrário dos imaginários no jogo de cartas de jogar. Cada uma das crianças, ou “Tamers Digimon”, têm os seus pontos de vista diferentes sobre como Digimon deve ser tratada. Mas quando outro Digimon começam a aparecer ao redor do Japão, eles devem colocar de lado suas diferenças para afastar os intrusos digitais; embora Yamaki, que é a cabeça de uma organização secreta chamada Hypnos.