A história, que acontece num final imaginário do século 19, gira em torno de Allen Walker, um jovem garoto que se torna membro da Ordem Religião Negra (Também conhecida como Ordem Negra), uma organização formada por membros chamados Exorcistas. A sua missão é parar o Conde do Milênio, que planeja limpar o mundo, destruindo toda a humanidade e a vida em si, com a ajuda de seus irmãos, o Clã de Noé (Noah Clan), e suas criações chamadas de Akuma(literalmente demônios).